9月12日，日职联官方宣布，为配合联赛赛制过渡以及备战2026世界杯（6月开赛），J2、J3联赛共40支球队将一起在2026年上半年参加“特别赛季”，作为赛制过渡期的独立赛事，不设升降级。在这一赛季后，J2、J3联赛也将正式过渡为跨年赛制。

本大会采用两阶段制：先是充满激烈德比对决的“地区联赛阶段”，随后是决定最终排名的“附加赛阶段”。

地区联赛阶段

比赛时间为2026年2月7日（周六）至5月24日（周日），以小组内主客场双循环的方式进行。共分为4个地区小组（东、西、南、北），每组10家俱乐部，总计360场比赛。分组时会综合考虑降雪地区俱乐部的数量、同一都道府县的俱乐部尽量分在同组、交通条件等因素来决定。

附加赛阶段

第一回合于2026年5月30日至31日进行，第二回合于6月6日至7日进行。由各小组相同名次的球队进行单场淘汰赛（不是主客场制），以决定最终排名。例如，东区第一与西区第一、南区第一、北区第一进行对阵，争夺最终总排名第1名；各小组第2名将争夺总排名第5-8位；依此类推，直至各小组第10名的球队决定出最终第37至40位。特别大会的结果不会产生升降级。

比赛必须分出胜负

在地区联赛阶段，如果90分钟内未能决出胜负，将直接进入点球大战（无加时赛）。积分分配为：90分钟取胜得3分，点球获胜得2分，点球落败得1分，90分钟直接失利得0分。

在附加赛阶段，采用单场淘汰制（非主客场）。若90分钟平局，则进行加时赛（上下半场各15分钟），若加时仍未分出胜负，再通过点球大战决定。